厦门马拉松由厦门市政府与中国田径协会共同主办，创办于2003年。比赛规模由初创时的11998人，发展到2014年最高峰时77151人同场竞技，包含全程、半程、10公里、5公里等共四个项目。后出于安全以及比赛专业化发展的考虑，自2015年起尝试对赛事进行分项和瘦身，将半程、10公里作为配套赛在海沧举办。2017年起继北京马拉松之后，成为全国第二个仅设全程项目的专业化马拉松，规模为3万人，并提前于2016年11月在海沧正式创办专业化半程马拉松赛，规模为1.8万人，形成“一城双赛”格局。

厦门马拉松创办以来，一直坚持“政府倡导，市场运作”，坚持“不花政府一分钱”的办赛模式。在赛事举办前几年，通过配套举办两岸四地邀请赛、马拉松接力赛、大学生马拉松赛等系列赛及举办马拉松高峰论坛、市长论坛、制作马拉松雕塑并赠送国际奥委会、马拉松圣火点燃仪式、邀请国家领导人、国际田联主席、承办世界路跑协会年会等众多措施，使厦门市和赛事知名度、影响力迅速提升，引领全国马拉松赛，一度被誉为“北有北马,南有厦马”。从2008年起连续12年荣获“国际田联路跑金标赛事”认证，并连续获中国田协“金牌赛事”认证。厦门也先后被中国田协授予“中国马拉松突出贡献奖”和“马拉松城市”称号。