苏州大学药学教育最早可追溯至原东吴大学1949年创办的药学专修科，1952年全国院系调整并入华东药专。1993年在原苏州医学院药理学学科基础上成立苏州医学院药学系，2000年随苏州医学院并入苏州大学，2005年成立苏州大学药学院。

学院现拥有药学一级学科博士学位授权点和一级学科硕士学位授权点(覆盖药理学、药物化学、药剂学、微生物与生化药学、药物分析、生药学等全部二级学科)，设有“药学博士后科研流动站”，拥有药学硕士专业学位授权点和工程硕士(制药工程领域)专业学位授权点。拥有药学、中药学、生物技术(生物制药)等三个本科专业(含专业方向)，药学专业为校特色专业，江苏省一级学科重点学科。

苏州大学药理学科是历史悠久的学科，创建于上世纪50年代初期的原南通医学院，距今已有六十年建设史，是我国医学院校中较早建立的药理学教研室之一。1984年获国务院学位委员会批准为硕士学位授予点;2002年被批准为苏州大学重点学科;2003获国务院学位委员会批准为博士学位授权学科，2008年在原药理学教研室的基础上成立苏州大学医学部药理学系。

药学系下设合成药物化学教研室、药剂学教研室、药物分析教研室、生物制药教研室4个教研室，1个药物代谢动力学研究中心。药学系现有教职员工31人，其中教授13人(其中特聘教授3名)，副教授9人，博士生导师11人，硕士生导师9人(2010年资料)。

中药学系下设天然药物化学教研室、中医药基础教研室、生药教研室3个教研室，有江苏省高等学校优秀科技创新团队(现代天然药物的研究与开发)1个。中药学系现有教职员工12人，其中教授4人，副教授6人，讲师2，博士生导师1人，硕士生导师5人(2010年资料)。中药学系学科带头人杨世林教授为享受国务院政府特殊津贴专家。

学院现有专任教职工70人，其中教授25人，副教授25人，博士生导师18名，硕士生导师40名。专业教师具有博士学位者超过80%，具有海外留学经历者占35%。现有享受国务院特殊津贴专家，国家杰出青年基金获得者，国家“青年千人计划”入选者，中国科学院“百人计划”入选者，江苏省有突出贡献的中青年专家等杰出人才近十名，拥有一支江苏省高校优秀科技创新团队，形成了结构合理的教学队伍和高层次的学术研究梯队(以上资料于2013年摘自该学院官网)。