杭州萧山国际机场有限公司是杭州萧山国际机场的日常运营管理者，公司成立于新机场通航时的2000年12月。公司目前下属10个职能部门、5个经营公司和13个生产保障单位，现有员工4100多人。

2006年12月18日，经浙江省人民政府同意，机场公司通过增资扩股方式，与认购增资的香港机场管理局合资合作成立了杭州萧山国际机场合资公司。合资公司投资总额为124.94亿元人民币，注册资本56.86亿元人民币，其中机场公司原股东出资36.959亿元人民币，以原股权投入，占合资公司注册资本的65%(股东包括浙江省机场管理公司、杭州市投资控股有限公司、杭州萧山区国有资产经营公司)。香港机场管理局以等值19.901亿元人民币的现汇认购增资额，占35%。经营期限为30年。