安徽医科大学图书馆的前身是东南医学院图书馆，1996年6月更名为安徽医科大学图书馆。是安徽省属重点大学图书馆之一，是教育部科技查新工作站(Y06)，安徽省高校数字图书馆医学分中心、安徽省图书馆学会副理事长单位和安徽省高校图书馆工作委员会常委馆。

安徽医科大学图书馆是安徽省属重点大学图书馆之一，是教育部科技查新工作站(Y06)，安徽省高校数字图书馆医学分中心、安徽省图书馆学会副理事长单位和安徽省高校图书馆工作委员会常委馆;2004年被安徽省图书馆学会评为全省图书馆系统先进单位，2014年被评为安徽省高校图书馆先进集体，1991年被国家卫生部确定为“全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆”。1997年率先在省属高校图书馆实行书刊资料自动化管理，也是省内信息化应用开展的比较好的图书馆之一。2003年图书馆在迎接教育部评估工作中被学校评为一等奖。历年来，全馆有数十人次分别被评为中国图书馆学会优秀会员、安徽省图书馆学会优秀会员、安徽省高校图书馆优秀馆长、安徽省高校图书馆先进工作者、安徽医科大学优秀教师、安徽医科大学优秀共产党员和安徽医科大学优秀教育工作者。

实行图书馆局域网内整体管理，大大地提高了图书馆的管理质量和管理水平。

图书馆现内设有办公室、文献资源建设部、读者服务部、文献阅览部、参考咨询部、技术服务部和医学文献检索教研室等7个科级建制部门。

图书馆现有工作人员44人，其中博士1人，硕士13人;人员中具有正高职称的1人，副高职称的6人，中级职称的9人，所学专业涉及医学、图书馆学、情报学、医学信息、外语、计算机科学等专业，平均年龄40岁以下，形成了比较合理的年龄结构、知识结构和学科结构体系。

图书馆现开设有中文社会科学图书阅览室、中文自然科学图书阅览室、中文社会科学报刊阅览室、中文自然科学期刊阅览室、外文期刊阅览室，中医古籍阅览室、多媒体电子阅览室、中外文社会科学图书借阅处、中外文自然科学图书借阅处、总还书处、图书情报专业学习室、专家学习室、学生自修室、文献检索教学多媒体教室、图书基本库和期刊基本库等服务窗口，文献检索教研室是学校重要的基础教研室，承担着全校本专科生和研究生的文献检索课的教学任务;参考咨询部利用现代网络技术和丰富的馆藏文献资源可为广大读者提供文献检索和课题查新服务，是全省医疗卫生系统科技查新的定点指定单位。图书馆年接待读者超百万人次。