普陀山佛教协会，始立于清光绪三十四年(1908)，时称“僧教育会”。民国二年(1913)，改为普陀山佛教会，会长开如。后名称屡经更换。民国三十五年(1946)，中国佛教会决议设立全国名山区佛教会。三十七年六月，成立中国佛教会普陀山直属支会，理事长善余法师。解放前夕，僧众四散，会务中辍。解放初，请尘空法师主持山务。1962年3月，成立普陀山佛教协会，下设生产委员会，实行农禅结合，自力更生。

1979年，落实宗教政策，僧尼陆续回山。1980年3月，恢复佛教协会，妙善老和尚当选会长，创“三统一”模式、“三不准”原则，统筹管理全山寺务，设颐养堂、佛学院与研究院，建造南海观音，开办普济医院，修复寺院34所，筹建宝陀讲寺、万佛宝塔等，复兴普陀名山。

2010年4月，佛教协会召开第五届代表大会，道慈大和尚当选会长，着力于道风道行、寺庵修建、文化兴教。截至2020年3月，佛协共收归六十五所寺院庵堂，已修复开放包含（包括新建）四大寺在内共四十四所，常住僧尼一千一百余人。

现今，普陀山佛教协会在各级党委政府的统一领导下，在市委统战部（市民宗局）和普陀山—朱家尖管委会的关心支持下，在以道慈大和尚为会长的佛教协会领导班子的正确带领下，认真贯彻党的宗教政策，高举爱国爱教旗帜，团结带领四众弟子，按照“一个法人、二级管理、统分结合”的组织管理体制，坚持集体领导、民主决策、规范管理原则，对全山寺院（单位）实行“三统一”管理，以“中国化、法制化、规范化、精品化”理念和“三四五”发展目标，努力实现普陀山佛教跨越发展。